Al subir al trono de España el gran organizador Carlos III, observó que la mayoría de los países utilizaban pabellones en los que predominaba el color blanco (España, Francia, Gran Bretaña, Sicilia, Toscana…) y, dado que estaban frecuentemente en guerra entre sí, se producían lamentables confusiones en la mar, al no poder distinguirse si el buque avistado era propio o enemigo hasta no tenerlo prácticamente encima; por ello, encargó a su Ministro de Marina que le presentase varios modelos de banderas, con la única condición de ser visibles a grandes distancias. El Ministro convocó un concurso seleccionando doce bocetos de los presentados, los cuales mostró al rey. El Soberano eligió dos de ellos, a los que varió las dimensiones de las franjas, declarándolos reglamentarios el primero para la Marina de Guerra y el segundo para la Mercante.
Los proyectos presentados fueron los siguientes: bandera bicolor, roja y gualda, con tres franjas horizontales, amarillas las de los bordes y encarnada la del centro; con cinco franjas horizontales, amarillas la primera, tercera y quinta, y rojas la segunda y cuarta; la misma combinación con los colores invertidos; las cuatro siguientes tenían igual disposición que las anteriores, con la sola variante de estar sustituido el color amarillo por el blanco; fondo rojo con una cruz azul, y en ésta un cuadro o fondo blanco, dentro del cual estaba el escudo; igual que la anterior, con la única diferencia de ser la cruz amarilla; fondo amarillo, cruz grande roja y el escudo sobre la cruz, sin cuadro o fondo blanco; cinco franjas, amarillas la primera, tercera y quinta, y azules la segunda y cuarta.
De entre éstas el rey eligió la primera, como señala el Real Decreto de 28 de mayo de 1785. Hay un manuscrito que reza:
"Propuesta para la elección de pabellón español y eligió S.M. el primero, con alguna variación sobre el ancho de las bandas."
Por Real Decreto de 28 de Mayo de 1785, dispuso:
“Para evitar los inconvenientes y perjuicios, que ha hecho ver la experiencia, puede ocasionar la Bandera Nacional de que usa mi Armada Naval y demás embarcaciones españolas, equivocándose a largas distancias o con vientos calmosos, con las de otras naciones, he resuelto que en adelante usen mis buques de guerra de Bandera dividida a lo largo en tres listas, de las que la alta y la baja sean encarnadas y del ancho cada una de la cuarta parte del total y la de enmedio amarilla, colocándose en esta el escudo de mis Reales Armas reducido a dos cuarteles de Castilla y León con la Corona real encima… “.
Más tarde, amplió el uso de esta bandera a todos los establecimientos dependientes de la Armada.
El Ejército continuó utilizando las banderas anteriores, excepto el Cuerpo de Ingenieros, que desde su creación usó bandera morada.